Yumurtalık (over) kisti operasyonu açık cerrahi ile gerçekleştirildiyse, hasta genellikle ameliyattan sonra hastanede 1-2 gün yatış yapar. Laparoskopik (kapalı yöntem) cerrahi ile gerçekleştirilen operasyonlarda ise hasta genellikle ertesi gün taburcu edilir. Kapalı yöntem ameliyatlarda iyileşme süresi daha kısa ve ağrısızdır. Kapalı yöntem ameliyat sonrası hasta birkaç gün içinde günlük işlerini yapabilir hale gelir ve çalışıyorsa 1-2 hafta içinde işine dönebilir. Açık cerrahi ile yapılan ameliyatlarda ise bu süreler iki kat daha uzun olabilir. Açık cerrahi ile yapılan yumurtalık kisti operasyonu sonrası iyileşme süresi ve ağrı, sezaryen ameliyatına benzerlik gösterir, ancak kapalı cerrahi ile yapılan ameliyatlarda iyileşme daha kısa sürede ve daha az ağrılı gerçekleşir.

Açık cerrahi ile yapılan yumurtalık (over kisti) ameliyatlarında sıkça kullanılan kesi, sezaryen ameliyatlarında yapılan pubik tüylerin üzerinden yanlamasına yapılan yaklaşık 8-10 cm uzunluğunda bir kesidir (Pfannenstiel kesi). Bazen kistin çok büyük olması veya başka nedenlerle karın ortasından dikine yapılan bir kesi ile ameliyat gerçekleştirilebilir. Bu durumda pubik tüylerden göbeğe kadar yaklaşık 10 cm uzunluğunda bir kesi yapılır. Kapalı (laparoskopik) yöntemle yapılan yumurtalık kisti ameliyatlarında ise göbekten ve kasık bölgelerinden açılan yaklaşık bir santimlik delikler aracılığıyla ameliyat yapılır ve karında büyük bir kesi veya ameliyat izi olmaz. Açık cerrahide genel anestezi veya spinal anestezi uygulanabilir, ancak kapalı yöntemde her zaman genel anestezi kullanılır.

Açık ve kapalı yöntemle yapılan ameliyat süreleri benzerdir ve genellikle yaklaşık bir saat sürer, ancak yarım saat ile 2-3 saat arasında değişiklik gösterebilir. Kistin büyüklüğü, türü, karın içindeki yapışıklıklar ve varsa ek sorunlar gibi birçok etken ameliyat süresini etkiler.

Yumurtalık kisti ameliyatından sonra hastanın ağrılarının geçtiği ve kendisini rahat hissettiği zaman cinsel ilişkiye başlamasında bir sakınca yoktur. Eğer ameliyat sırasında rahim (döl yatağı) alındıysa, bu durumda en az bir ay cinsel ilişki yasaklanır ve daha sonra doktor muayenesinde engel görülmezse yasak kaldırılır. Ancak sadece kist veya yumurtalıkların alındığı durumlarda, hasta genellikle ameliyattan birkaç hafta sonra kendisini ağrısız ve rahat hissettiğinde cinsel ilişkiye başlayabilir. Kapalı veya açık ameliyatlarda cinsel ilişki açısından fark yoktur, ancak kapalı cerrahide hastanın ağrılarının çabuk geçmesi ve hızlı iyileşmesi bu süreyi kısaltır.

Yumurtalık kisti ameliyatlarından genellikle 20-30 gün sonra adet kanaması başlar, ancak bu süre hastanın operasyondan önceki adet döngüsüne bağlı olarak değişebilir. Genellikle bir önceki adetinden bir ay sonra kanama başlar. Ameliyat stresine bağlı olarak ilk aylarda adet düzensizliği görülebilir. Ameliyattan sonra her kanama adet olmayabilir, bu nedenle kanama olduğunda doktora başvurulması gereklidir. İdrar kesesinin travmatize olmasından dolayı hastanın idrar yapması zor olabilir, bu yüzden idrar sondası ameliyat sonrasında 18-24 saat süreyle takılı bırakılır. Ameliyat günü hastanın oral beslenmesi yasaklanır. Bağırsak hareketleri başladıktan sonra sıvı/akışkan gıdalarla beslenmeye başlanır ve hastanın tolere edebileceği katı yiyecekler diyetine eklenir. Hastanın çabuk ayağa kaldırılması, damar tıkanıklığı ve zatürre riskini azaltır.